A legszennyezettebb csehországi folyó címét egyelőre a Bilina érdemelte ki, különösen alsó szakaszán, mielőtt az Elbába ömlene.
A cseh folyók elsősorban organikus szennyezettségük miatt alkalmatlanok arra, hogy emberek úszkáljanak benne, de számos esetben nehézfém-koncentrációt és PCB-t is kimutattak vizükben. Ennek ellenére egy frissen megjelent tanulmány szerint általában határozottan javult bennük a vízminőség az elmúlt 15 év alatt.
A Bilina nevezett részét elsősorban a Chemopetrol vegyipari vállalat két üzeme szennyezi, s a folyóban a szennyeződés terén csak a higany mennyisége csökkent az utóbbi időben. Klorin származékokkal való szennyeződését is kimutatták, miként több cseh folyóban. A Bilinában DDT is van a Spolchemie vállalat jóvoltából. A PCB az Elbában fordul elő, Pardubice térségében. Kadmium nyomaira az Olse és az Odera folyókban bukkantak.
