Novemberben a Balatonvízből már kiülepednek a lebegtetett részecskék, a víz tiszta lesz, s átlátszósága is kb. 1,5 méterre nő. Ezzel párhuzamos változások történnek az élővilágban is. 2006 november 7-én az egész tóban nagyon kevés lebegő algát találtunk a 7 Celsius fokra lehűlt vízben.
A Keszthelyi-medencében különösen feltűnő volt az egysejtű algák hiánya, itt a klorofill koncentráció mindössze 6 mikrogramm volt literenként. A Siófoki-medencében ennél kicsit többet (8 mikrogramm/l) mértünk. Keszthelynél ez a nyári maximum értéknek tizedrésze, Siófoknál ezzel szemben nyáron sem észleltünk ennél lényegesen magasabb koncentrációkat. A Siófoki-medencében a relatíve nagy algamennyiségért az üledékről a szél által felkevert fenéklakó kovamoszatok a felelősek, amit a víz szokatlanul nagy zavarossága is jelzett. A tó ezen területén a vízfelszínre jutó napsugárzás mindössze másfél méter mélyre tudott lehatolni, a Keszthelyi-medencében a víz sokkal csendesebb volt, itt a tó fenekén is jelentős mennyiségű fényt mértünk.
A hőmérséklet csökkenése mellett a nyári, főleg kékmoszatok (cianobaktériumok) alkotta algapopulációk összeomlásában élősködő mikroorganizmusok is szerepet játszanak. Utóbbiakat az élőlények azon csoportja alkotja, melyet „alacsonyrendű gombaként” tartanak számon. A Chytridiomycota divízióba tartozó mikrogombák fontos algaparaziták, amelyek a gazda populáció 90 %-át is megfertőzhetik. A fertőzés általában a gazdasejt pusztulásához vezet, így ezeknek szerepük van a gazdaszervezet populációméretének szabályozásában. Azért is nagyon jelentősek, mert nemcsak a jelenben hatnak, hanem azáltal, hogy a kékmoszatok kitartósejtjeit is elpusztítják, a következő év vagy évek populációira is hatással vannak. A modern fluoreszcens mikroszkópi technikák használata megkönnyíti a gomba paraziták észrevételét. Az elmúlt esztendőben -a hazai limnológiai kutatásban először- ezzel a módszerrel mutattuk ki a Balatonban a planktonikus algák jelentős parazita fertőzöttségét tavasszal és ősszel, a 2006 évi nyári kékmoszat populációk összeomlásakor is elszaporodtak a parazita mikrogombák. A mellékelt képeken nyilakkal jelöltük a fonalas kékalgákat és kovamoszatokat pusztító mikroszkópikus gombákat, amelyekről e helyen mutatunk be először mikroszkópi felvételeket. Ezek a mikrogombák gazdaspecifikusak, csak mikroszkópikus algákon élősködnek, más élőlényre így az emberre semmiféle veszélyt nem jelentenek.
A késő őszi megszokott állapotoknak megfelelően egész tóban alacsony az algák biomasszája. A Siófoki-medencében 7 µg/l a Keszthelyi-medencében pedig csak 6 µg/l volt a klorofill-a koncentrációja. Az algák számára könnyen hozzáférhető nitrogénformák – az ammónium és karbamid-koncentrációja csak 10 µg/l körüli érték volt. A kimutatható nitrát töménysége a szokásos őszi változásoknak megfelelően növekedni kezdett. Ez elsősorban a befolyókkal, különösen a Zalával érkező magas nitrát-tartalmú víznek köszönhető. A Zala-víz nitrát-koncentrációja 700 µg/l felett van, a Keszthelyi-medencében 50 µg/l a keleti medencében pedig 30 µg/l nitrátot mértünk. Összességében tehát bőven elegendő nitrogéntartalmú tápanyag van a tóban. Az algák számára hozzáférhető foszfor koncentrációja is magasabb, (5µg/l) mint nyáron. A jónak mondható tápanyag ellátottság ellenére az algák biomasszája alacsony, hiszen a víz már meglehetősen lehűlt (mintegy 7 oC) és ez jelentős tömegprodukciót már nem tesz lehetővé.
Makrofitonok szempontjából egyértelműen elérkezett a vegetációs periódus vége: a nádas nagyobb része megsárgult, a hínarak többsége pedig el is tűnt a Balatonból. A balatoni nádasok bevonatában továbbra is két pontokáspi inváziós faj, a vándorkagyló és a tegzes bolharák dominált októberben. Balatonalmádinál a júliusi adatokhoz képest a tegzes bolharák tört előre a vándorkagyló rovására, Tihanynál az arányok nem változtak lényegesen. Mindezek jó vízminőségre engednek következtetni.
A Balatonba ömlő patakok őszi állapota a makroszkópikus vízi gerinctelen együttes alapján a legtöbb esetben jónak mondható. A vízi állategyüttesekre összességében az évszaknak megfelelő állapot jellemző, de néhány eset kivételt jelent. Egyes patakszakaszok helyi szennyezések hatását mutatják, míg más esetekben inkább a csapadékhiány miatti rendkívül alacsony vízállás, illetve kiszáradás okozza a vízi gerinctelenek fajszámának csökkenését.
Október 30.-án nagyon kicsi volt a zooplankton sűrűsége. A tó döntő részén mindössze 24 – 30 egyedet, de a legnyugatibb, és egyben legeutrófikusabb Keszthelyi medencében is mindössze 36-37 egyedet számláltunk egy liter tóvízben. A zooplankton döntő része kifejlett felnőtt volt. Szinte teljesen hiányoztak a Copepoda-félék (evezőlábú rákok) nauplius lárvái, valamint a kerekesférgek, amelyek egyébként tavasszal és nyáron a zooplankton kétharmadát teszik ki. Petés nőstények is csak elvétve, egy-két százalékban fordultak elő. A Copepoda-félék a tó döntő részén a zooplankton 72 %-át, a Keszthelyi medencében pedig 58.6 %-át tették ki, a többi Cladocera (evezőcsápú rákok) volt. A tó nagy részén zooplankton 13 %-a volt ragadozó, Keszthelynél a ragadozók aránya magasabb, 20 % volt. A nauplius-ok hiánya és petés egyedek kis száma arra a tél előtti fiziológiai állapotra enged következtetni, amikor az egyedek az intenzív reprodukcióról áttérnek saját zsír- és fehérjeraktáraik feltöltésére a hideg téli hónapokra.
