A nyár elmúltával a Balatont és környékét sokszínűvé varázsoló évszak nyugalmat kölcsönöz a korábban pezsgő tájnak. A balatoni algavilág összetétele és állapota kora őszi képet mutat.
A nyár folyamán a lebegő mikroszkópikus algák közül a fonalas, a légköri nitrogén megkötésére alkalmas kékalga fajok szaporodtak el a Keszthelyi-medencében, amelyek innen kiindulva meghódították a tó nyugati medencéit. Keszthelynél a kékalgák már pusztulásnak indultak, mennyiségük csak fele a nyári maximumnak. Stabil nitrogén izotóppal végzett méréseink is azt mutatják, hogy a kékalgák légköri nitrogén megkötése már csak töredéke a korábbinak. A megmaradt algaállományra a kitartó sejtek képzése jellemző, amelyek segítségével a tó üledékébe süllyedve készülnek átvészelni a számukra kedvezőtlen időszakot a következő év nyaráig.
A Szigligeti- és a Balatonszemesi-medencében a kékalga populáció most tetőzik, ezért az a szokatlan helyzet alakult ki, hogy a legtöbb alga nem Keszthelynél (a-klorofill: 33 µg/l), hanem Szigligetnél (a-klorofill: 46 µg/l) van a tóban. A Tihany félszigettől keletre egészen más algavilág található: fonalas kékalgák nincsenek a vízben, mennyiségük alig egynegyede (a-klorofill: 8 µg/l) a nyugati térségének. Ezen a területen a nevezetes és a tiszta vizet jelző balatoni fecskemoszat az uralkodó szervezet, amely szintén tipikus nyári alga, és már megkezdte a kitartó sejtek képzését.
A víz küllemét a Keszthelyi- és a Szigligeti-medencékben a víz magas huminanyag tartalma is rontja, mert ezen a csapadékban gazdag nyáron a Zala folyó minden korábbinál több, a Kis-Balaton tározórendszerből kimosódott sárgásbarna színű szerves anyagokkal terhelte a tavat.
A nyár folyamán a parti kövezéseken a tavaszi aranysága színű kovamoszat bevonat helyett fonalas zöldalgák szakállas bevonata alakult ki. Ezt a bevonatot egyetlen algafaj, a magyarul érdes békanyálnak nevezett moszat alkotja. Ez az alga az alacsony vízállást és a magas hőmérsékletet kedveli, a Siófoki-vízmérce 50 cm-es állása alatti vízszinteknél képes tömegesen elszaporodni a déli part sekély vizében. Ezen a nyáron a 100 cm-t is meghaladó vízszintek esetén erre nem volt lehetősége.
A magas vízállás gátolja a nádas terjedését a Balatonban, de egyes – atipikusnak is nevezhető – helyeket kivéve, a nádassal borított területek mérete nem csökkent. Az elmúlt évekhez képest viszont több hínár volt a Balatonban. Ez elsősorban a déli parton és inkább lokálisan volt szembetűnő. A zooplankton jelenlegi arculata (kis szervezetszám, kevés fiatal lárva) nem mutat jelentősebb eltérést attól, amely a nagyon meleg vízű nyári időszakokban megszokott, de már a koraőszi időszakra jellemző fajegyüttesek jelentek meg.
A balatoni befolyókon végzett nyári halfaunisztikai felmérések sikeresen befejeződtek. A vizsgálatok során 19 kisvízfolyás 40 mintavételi szakaszáról 29 faj 4927 egyedét fogtuk és határoztuk meg. A fogásokban megjelenő nagy számú ivadék arra enged következtetni, hogy a júliusi kánikula a befolyók halállományaira nem gyakorolt számottevő, negatív hatást.
Összegezve az eddigi tapasztalatainkat, elmondható, hogy a Balaton 2006. tavaszi-őszi időszakban egészséges küllemmel és élővilággal rendelkezett, s ez a tény kitűnően szolgálta a tó üdülésre való alkalmasságát.
