A 2009 július 20-án végzett vizsgálatok szerint sem a kánikula, sem a vihar nem befolyásolta észrevehetően a tó vízminőségét, az mindenütt kiváló.
Az algaszaporodást szabályozó növényi tápanyagok koncentrációja alacsony az egész tóban. Úgy a nitrogénvegyületek mint az ortofoszfát foszfor koncentrációja a kimutatási határ közelében van. Ennek megfelelően az algák mennyisége is kevés, az a-klorofill koncentráció a megengedhető 75 mikrogrammal szemben 6-16 mikrogramm/liter között változott. A lebegő mikroszkópikus algák összetétele is a tiszta vizet indikálja. A nitrogénhiányra válaszul a Keszthelyi- és a Szigligeti-medencében megjelentek a fonalas, a légköri nitrogént megkötni képes kékmoszatok, a tó többi részén kovamoszatok és páncélos ostoros algák uralkodnak.
Az iszapos tófenéken a fürdőzők gyakran találkoznak kagylókkal, lábsérülést is okozhat a kagylók héja. Kevéssé ismert, hogy a Keszthelyi-medencéből 2006-ban előkerült (Majoros G. 2006, Halászat 99:143-150) egy, hazánkba mintegy harminc évvel ezelőtt behurcolt kagylófaj, az amuri kagyló (Anodonta woodiana), amelynek példányai a tó egyre több helyén fordulnak elő. Ez év nyarán a Keszthelyi-medence egyes területein a kagylónépesség felét már ennek a fajnak az állománya alkotja. Az őshonos kagylófajoknál ellenállóbb és szélesebb ökológiai tűrőképességű amuri kagyló Magyarország és Európa más tájai után végül a Balatont, is meghódította. Ez a legnagyobb puhatestű állat hazánkban, a Tisza vízrendszeréből két kilogrammos példányai is előkerültek. A Balaton élővilágára ennek a fajnak az inváziója nem jelent közvetlen veszélyt, de állományának felmérése és ökológiai hatásainak megismerése a közeljövő fontos kutatási feladata.
