A Balaton nyíltvizének minősége továbbra is kifogástalan. A jelenlegi nagy melegben, egyes szélvédett öblökben a vízfelszínen összegyűltek a kirajzott árvaszúnyogok levedlett báb-bőrei, ami lokálisan zavarhatja a fürdőzőket. Ez a jelenség azonban nem szennyezés, hozzátartozik egy természetes víz életéhez.
Ez a jelenség azonban nem szennyezés, hozzátartozik egy természetes víz életéhez. A nyíltvízben még a legnagyobb termőképességű Keszthelyi-medencében is nagyon kevés az alga (klorofillban kifejezve 10 µg/l alatti értékek jellemzők a tóra). A Zala folyón viszont jelentős tápanyag utánpótlás érkezik: a folyó torkolatában közel 200 mikrogramm ortofoszfát-foszfor van egy liter vízben, ami kedvezőtlen a tó vízminősége szempontjából. A nitrogéntartalmú tápanyagokból is jelentős az utánpótlás, de az ammónium karbamid és nitrát formában jelenlévő nitrogén összes mennyisége (100 µg/l) a Zala vízében kevesebb, mint az ortofoszfát-foszfor tartalom. A Balaton nyíltvízében jelenlévő nitrogénformák és a foszfát-foszfor koncentrációja az előző évekhez hasonlóan, alacsony (néhány µg/l). A külső terheléssel, különösen a Zalával érkező víz alacsony nitrogén foszfor aránya a tó mikroalga összetételét kedvezőtlenül befolyásolhatja, mivel a nitrogénkötő fonalas kékalgáknak jelenthet versenyelőnyt. A Keszthelyi-medence vizében az algaösszetétel koranyári jelleget mutat, kis mennyiségben ugyan, de megjelentek a fonalas nitrogénkötő kékalgák, amelyek, ha folytatódik ez a bőséges foszfor utánpótlás, a nyár derekára tömegesen elszaporodhatnak.
A tartósan magas vízállás következében megállt a nádas terjedése az északi parton, (egyes helyeken már megint kezd visszaszorulni), míg a déli parton a terjedés üteme jelentősen csökkent. A korábbi alacsony vízállás következtében, a déli part mentén megjelent nádasszigetek mérete, elhelyezkedése nem változott, ezek az új képződmények megmaradhatnak hosszú távon. A legszembetűnőbb változáson a nádas elvileg szárazföldi, de most elárasztott része megy keresztül. A nádas szárazföldi része jellemzően heterogén, fajokban gazdag, azonban a Balaton magas vízszintje következtében ezek a területek hosszabb időre víz alá kerültek, és az elárasztást kevésbé tűrő fajok ebben az évben eltűntek. Ezeken a helyeken már inkább sás, illetve káka dominanciáról lehet beszélni. A hínárnövények egészséges fejlődést mutatnak: az idén több hínár várható, mint a múlt évben. A gyökerező fajok terjedésének maximális mélysége a magasabb vízszint következtében most 2,5 méter.
A zooplankton kulcsfontosságú az alga- és baktérium-tömeg kiszűrésében és csökkentésében, továbbá rendkívül fontos energia közvetítő a halak felé. Korábbi években-évtizedekben, a zooplankton anyagforgalmi hatékonyságát csökkentették a bemosódó ipari és mezőgazdasági szennyező anyagok, valamint az eutrofizáció során elszaporodott kékalgák. Ezért a zooplanton érzékenyen jelzi a víz minőségét*.
A Balaton zooplanktonjának összetételét, biomasszáját és termelékenységét havi gyakorisággal vizsgáljuk. A tó jelenlegi magas vízszintje, amely a 2000-2003 közötti, drámai vízszint csökkenést követően alakult ki, közvetett módon jótékony hatással van a zooplanktonra. A szervezetek sűrűsége már 2004-2005 években nőtt, az ágascsápú rákfélék (Cladocera) nagyobb arányban voltak jelen, mint korábban, és így a társulás anyagforgalmi szerepe is mintegy kétszeresére nőtt. Idén április – május hónapokban 350 – 700 zooplankton szervezetet számláltunk egy-egy liter Balaton-vízben, Keszthelynél és Szigligetnél többet, attól keletre kevesebbet.
A zooplankton szerkezete jelenleg, a június 21-22.-én vett mintákban – feltehetően a hűvös májusi, június-eleji időjárásnak következtében – még mintegy 3 héttel korábbi állapotot (késő-tavasz) tükröz, a nyugati medencékben nagy (1,5 – 2 körüli) ágascsápú-evezőlábú rák (Cladocera/Copepoda) aránnyal, amely sok apró testű és jól asszimilálható zöld- és kovamoszat jelenlétére utal a vízben. Innen keletre is magas, 1,00 körüli még a Cladocera/Copepoda arány, amely szintén gyorsan pörgő anyagforgalomra utal. A mintákban azonban bőségesen megjelentek már a vándorkagyló planktonikus lárvái, és az árvaszúnyogok levedlett bőrei, amely már nyári jelenség. A mostani nagy hőség következménye, hogy helyenként szórványos halelhullás is jelentkezik.
* Ennek ellenére a zooplanktont az ökológiai vízminősítő rendszerek többsége (akár a Víz Keretirányelv keretében kidolgozás alatt álló európai rendszer, akár az amerikai „Clear Water Act”) nem veszi figyelembe. Ennek fő oka a zooplanktonra egyszerre ható „bottom-up” (üledéktől fölfelé irányuló) és „top down” (felszintől lefelé érvényesülő) hatás, amelyeket nehéz egymástól szétválasztani. Ezért nem lehet olyan közvetlenséggel nyilatkozni egy adott zooplankton társulás által jelzett ökológiai állapotról, mint például a fitoplankton esetében. Az MTA BLKI-ban 70 esztendeje gyűlnek a balatoni zooplankton szerkezetéről és biomasszájáról szerzett tudományos ismeretek.
A hosszú távú adatbázis, a zooplankton sűrűsége, összetétele (különösen a Cladocera/Copepoda arány) és az állatok peteprodukciója tükrözte az egyes medencék tápanyag ellátottságát az eutrofizáció során, és a vízszint ingadozások közvetett hatását is. Ennek alapján a BLKI kutatói más hazai kutatókkal és az Európai Bizottság DG JRC Környezet és Fenntarthatóság Intézete tudományos koordinátoraival a 2005-ös „ASLO Summer Meeting”-en (Santiago de Compostela, Spanyolország) konkrét javaslatot tettek a zooplankton későbbi figyelembevételére a nemzeti és nemzetközi ökológiai vízminősítő rendszerekben. A kezdeményezés nagy tudományos érdeklődést váltott ki, és a törekvéssel EU-tanácsadói szinten is egyetértettek.
