Akár az 1700 milliárd forintot (a paksi bővítési ár felét) is meghaladhatja annak az atomtemetőnek az építési költsége, amely az új reaktorok leszerelési hulladékának, illetve a kiégett fűtőelemeknek a végleges tárolására szolgál majd. Ez a tétel egyelőre nem szerepel a bővítés költségvetésében.
A parlament jelenleg is tárgyalja „A kiégett üzemanyag és a radioaktív hulladék kezelésének nemzeti politikájáról" szóló határozati javaslatot, amely szerint „a Magyarországon keletkezett radioaktív hulladékot és a magyarországi besugárzás során keletkezett kiégett üzemanyag feldolgozásából származó nagy aktivitású radioaktív hulladékot alapvetően Magyarországon kell véglegesen elhelyezni".
A fentiek értelmében a már bezárt, leszerelt atomerőművek nagy aktivitású hulladékának mindenképpen Magyarországon kell végleges tárolót építeni, és a kiégett fűtőelemek is ugyanide kerülnek. Magyarországnak jelenleg nincs nagy aktivitású nukleáris hulladéktárolója, sőt – a köznyelvben atomtemetőnek nevezett – végleges tároló jelenleg másutt sem üzemel a világban, egyelőre csak építés alatt álló létesítmények vannak.
A kormány eddig nem csak a végleges tároló felépítésének kötelezettségével, de a beruházás költségigényével sem terhelte meg a magyar közvéleményt, pedig horribilis számról van szó. Az MTA Lévai András Energetikai Alapítvány, illetve a Radioaktív Hulladékokat Kezelő Közhasznú Nonprofit Kft. adatai alapján a meglévő négy paksi blokk esetében a hagy aktivitású hulladék végleges elhelyezésének költsége (2013-as áron számolva) 1670,5 milliárd forint lesz.
A bővítés során felépíteni tervezett két új paksi blokk hulladékaival kapcsolatban a Lévai Alapítvány csak a kiégett fűtőelemek kezelésére adott meg költségbecslést, ez a tétel szintén 2013-as árakon várhatóan 1150 milliárd forintba kerül majd. Mivel a fűtőanyag és a bontási hulladék elhelyezési költségei kétharmad-egyharmad arányban oszlanak meg, itt a végső számla 1720 milliárd forint lehet. Az említett összeg nincs benne a bővítésre szánt 3600 milliárd forintban, vagyis a paksi bővítés várható költségeit önmagában ez az egyetlen csatlakozó beruházás a másfélszeresére növeli. Az itt vázolt kalkuláció is csak abban a valószínűtlen esetben érvényes, ha sikerül tartani az előzetesen tervezett költségszintet. Hogy erre mekkora az esély, azt jól illusztrálja, hogy a kis és közepes aktivitású sugárzó hulladék befogadására Bátaapátiban létesített tároló 2013-ig 72,5 milliárd forintba került, miközben eredetileg alig feleannyit szántak rá: 29 milliárdot a kutatásra, 10 milliárdot az építésre.)
Hogy a csillagászati költségekre honnan lesz pénz, az egyelőre nem tudható.
A vonatkozó jogszabályok szerint a hulladékkezelést az erőmű üzemeltetőjének kell finanszíroznia, óvatosságra int ugyanakkor, hogy a Paksi Atomerőmű 30 éves működése során az erőmű és az állam befizetéseiből összesen alig 250 milliárd forint gyűlt össze a Központi Nukleáris Pénzügyi Alapban (annak ellenére, hogy az atomerőmű működését eredetileg éppen 30 évre tervezték, vagyis mostanra rendelkezésre kellene állnia a hulladékkezelés összes költségének, azaz a már említett 1600 milliárdos keret nagyobbik részének).
Ráadásul az sem egyértelmű, hogy ez a keret valóban hozzáférhető-e egy elkülönített számlán, vagy csak állami kötelezettségként létezik; ezzel kapcsolatban nem csak az atomerőmű-bővítést ellenző pártok, hanem a maximálisan atompárti Jobbik is komoly kétségeket fogalmazott meg a közelmúltban. A végleges tárolóval kapcsolatban egyelőre az alkalmas helyszín megtalálása, a geológiai kutatás és előkészítés zajlik, közben pedig a kiégett fűtőelemeket 1998 óta a Paksi Atomerőmű területén tárolják. A végleges tároló valószínűleg a Baranya megyei Boda térségében lesz, erről azonban a helyiek keveset tudnak, ezt a projektet is érinti a paksi ügyekben mindet átható titkosítás. (Aminek legújabb epizódjaként az atomtörvény módosításában 100 méterre szűkítették a radioaktív hulladéktároló hatásterületét, és előírták, hogy csak a hatásterületen élők lehetnek ügyfelek az engedélyezési eljárásban – ezzel gyakorlatilag mindenkit kizártak az engedélyezésből, miközben például a közelben lévő Pécs lakossága sem lelkesedik az ötletért, hogy atomtemetőt létesítenek a szomszédságukban.) A költségeket azzal lehetne lejjebb szorítani, ha Oroszország vállalná a kiégett fűtőanyag visszavételét és feldolgozását (a művelet során keletkező feldolgozhatatlan hulladékot, illetve a reaktorok bontási hulladékát mindenképpen Magyarországnak kell tárolnia). Ezt azonban a tervezett új blokkok esetében megnehezíti, hogy az uniós szabályok alapján a Roszatom mellé új fűtőanyag-beszállítót kell keresni, az orosz cég pedig aligha fogja olcsón feldolgozni a nyugati beszállító hulladékát – írta a nol.hu.