A függetlensége mellett a szakmaisága is megkérdőjeleződött a környezet- és természetvédelem területi szerveinek, mióta a korábban független hatóságként működő szervezetek integrálódtak a politikai irányítás alatt álló kormányhivatalokba. A hivatali osztályokká degradált, leépítéseken átesett egykori hatóságok a kormányzati akarat áttételeiként működnek, és akkor sem akadályozzák az állami ötletek megvalósulását, ha ezzel törvényt sértenek.
A közelmúltban az Alkotmánybírósághoz fordult az LMP a zöldhatóságok függetlenségének felszámolása és az intézmények kormányhivatali integrációja miatt. Ahogyan Sallai R. Benedek, az Országgyűlés fenntartható fejlődés bizottságának elnöke a népszabadságnak elmondta: amikor az AB megakadályozta a nemzeti parki földek Nemzeti Földalapkezelő Szervezethez kerülését, azonnal megkezdték az aláírásgyűjtést és elkészítették a beadványt. A testület ugyanis a földügyi határozatában azt mondta ki, hogy továbbra is érvényes az a korábbi határozat, amely szerint az állam a környezet- és természetvédelem jogszabályban rögzített szintjét jogszerűen nem csökkentheti. Sallai szerint a nemzeti parkok földtelenítése és a zöldhatóságok lefokozása hasonló súlyú visszalépés: érezhetően csökkentik a környezeti és természeti értékek védelmének hatékonyságát.
Míg korábban szakhatóságként, illetve önálló hatóságként működtek közre a felügyelőségek egy-egy engedélyezési eljárásban, és a véleményük a többi hatóságot meg a beruházót is kötelezte, jelenleg csupán egy állami hivatal egyik osztályának számítanak, az álláspontjuk nem kötelező érvényű, adott esetben figyelmen kívül is hagyható – mutatott rá.
Számos konkrét eset bizonyítja az elmúlt hónapokból, hogy az aggodalom nem alaptalan. A hatósági függetlenség és a törvényesség különösen akkor szorul a háttérbe, ha a környezet- és természetvédelmi szervekre kormányzati nyomás nehezedik. Így történt ez a déli határkerítés építésénél – ahol szó nélkül hagyták, hogy a kivitelezés már az engedélyek kiadása előtt megkezdődött, nem készült stratégiai környezeti vizsgálat, a szigorúan védett, kipusztulással fenyegetett déli földikutyák állományának teljes áttelepítése pedig a legmelegebb nyári napokon kezdődött meg, miközben a fajvédelmi terv egyértelműen előírja, hogy erre csak a populáció kis része esetében, kizárólag ősszel vagy tavasszal kerülhet sor.
Ugyancsak nem tettek érdemi észrevételeket a környezetvédelem állami őrei az engedélyezési eljárásban a paksi Duna vizének várható túlzott hőszennyezése (a tervezett új blokkok hűtővizének a folyóba engedése), a Dagály strand területén a fák – a jogerős engedélyek beszerzését megelőző – kivágása, valamint az Illatos úton a kárelhárítás félbeszakítása miatt.
Lenkei Péter, a Levegő Munkacsoport szakértője azt mondja, az új rendszer beüzemelése óta még nem volt annyi hatósági ügyük, hogy általános érvényű következtetéseket tudtak volna levonni. Azonban megjegyezte, hogy nehezebbé vált az ügyek nyomon követése és a jogérvényesítés, mivel a környezet- és természetvédelmi tárgyú hirdetmények és határozatok vagy föl sem kerülnek a kormányhivatalok honlapjára, vagy pedig elvesznek az egyéb –gyámügyi, építési, közlekedési stb. –tárgyú közlemények között.
Ezt erősítette meg Tömöri Balázs, a Greenpeace programvezetője, aki hozzátette: a hatósági féknél hatékonyabb eszközzé vált a lakossági tiltakozás – fű alatt olykor maguk a tétlenségre kárhoztatott korábbi hatóságok értesítik a civileket, ellátva őket szakmai munícióval. Olyan esetet, amikor a kormányzati állásponttal szembe mert helyezkedni az intézményrendszer, a Greenpeace szakértője csak egyet tudott említeni: Almásfüzitőn visszavonták a Duna árterén veszélyes hulladékokat ártalmatlanító, éveken át kormánytámogatást élvező cég engedélyét, de ehhez az Európai Bizottság közbelépése, illetve a közvetett tulajdonosként emlegetett Simicska–Nyerges páros kegyvesztése is kellett.
Az átszervezésről a kormány véleményét is megkérdezte a Népszabadság: a miniszterelnökségi sajtóiroda válasza szerint „a kormányhivatalokban szakmai munka folyik, a környezetvédelmi és természetvédelmi hatóságokat is érintő kormányhivatali integráció nem változtatott a hatáskör önálló gyakorlását biztosító szabályokon”.