A csak Chile és Peru bizonyos részein fészkelő Humboldt-pingvinek egyedszámát az évek folyamán megtizedelte az emberi terjeszkedés, a patkányok és a szokatlanul meleg El Nino szállította áramlatok. A szakértőket aggasztják a gyorsan eltünedező pingvinek.
A Pajaro Nino néven ismert kis sziget valamikor 2000 madarat vonzott a költési időszak folyamán. Manapság viszont csak 500 pingvin érkezik a Santiagótól 120 kilométerre fekvő területre. Chilében számtalan pingvinfaj található meg, de a Humboldt-pingvinek legnagyobb kolóniái az ország északi részén élnek. A madarakat könnyű azonosítani a mellkasukon húzódó egyedi fekete sáv alapján.
A szakértőket aggasztják a gyorsan eltünedező pingvinek. A régióban valamikor nagy számban élő fajt Chilében sérülékenyként, míg Peruban veszélyeztetettként tartják nyilván. Alejandro Simeone, az Andres Bello Egyetem szakembere szerint jelenleg kevesebb, mint 50 ezer Humboldt-pingvin maradt a két ország területén. A hanyatlás kezdete 1978-ra tekint vissza, amikor a szigetet – amely természetes menedéket is nyújt – egy hullámtörő segítségével összekapcsolták a kontinenssel. Az építmény az ott hajózó milliomosok jachtjainak védelmére létesült. Így 150 méteres híd jött létre, és a helyi lakosok szerint súlyos hatása volt az állat- és növényvilágra.
A jachttulajdonosokat vádolták azzal, hogy igyekeztek megtisztítani a területet a pingvinektől, és egy videofelvétel is napvilágot látott, melyen úgy tűnik, néhányan szándékosan és illegálisan pusztítják a pingvintojásokat a szaporodás meggátlása érdekében. Rojas szerint a tulajdonosok nem kedvelik a madarak által hátrahagyott ürüléket, mely szerintük bűzössé teszi a szigetet. Az ügyészek már vizsgálják a pingvintojások állítólagos elpusztításának ügyét.
A madarak eltűnését részben a halászhálókra is visszavezetik, melyek évente több száz egyedet ejtenek csapdába. Ezenkívül az El Nino jelenséget és a meleg áramlatokat is a kiváltó tényezők között emelgetik. A fagyos Humboldt-áramlat – melyről a madarak nevüket is kapták – szállítja a pingvinek kedvelt táplálékait, úgymint szardíniákat és szardellákat.
Az El Nino viszont a kutatók szerint felmelegíti a vizet, és megnehezíti, hogy a pingvinek megtalálják szokásos táplálékukat. Amennyiben az El Nino a költési időszakban melegíti fel a vizeket, számos tojás vagy fióka pusztul el a hideg és az éhség miatt, mivel szüleik késve érkeznek meg, vagy egyáltalán nem találnak táplálékot.
A pingvineket a patkányok is veszélyeztetik. A hullámtörő, mely kapcsolatot hozott létre az apró sziget és a kontinens között, szabad átjárást biztosított a rágcsálóknak is, amelyek a védtelen tojásokból és fiókákból lakmároznak.
Egy 2012-es vizsgálat szerint a sziget összes pingvintojásának majdnem felét felfalták – elsősorban a rágcsálók – a költési időszak első 12 órájában.
